上回讲到明朝曾经有过针对“捣巢日本”的完备的作战计划，但因种种原因而被迫搁浅，反受其咎了。
同时，他吸取张文熙被弹劾的经验。许孚远在奏疏中还着重辩驳了时论所担忧的军费和航海风险问题，并指出不应该以元朝征倭败绩旧事托为借口（其对元朝征日的问题分析在今天仍然有些借鉴价值）。
许孚远的奏疏在呈报朝廷后，其方略中的“用间”、“备御”两项当即被采纳，而“征剿”则因为时机不到而被暂时搁置。但总的说，《请计处倭酋疏》的提出，可视为明廷东征日本战略的成熟计划，可付诸实践。
可谓，万事俱备只欠东风，因为东征构想的最终结果还是胎死腹中，毕竟谁也没有想到，这股“东风”会因为朝鲜战场上南原失陷的惨败而被最终搁置。当然了，明朝援朝抗日前后打了七年，消耗巨大啊！
万历二十五年（西元1597年），在朝鲜战场上，明朝将领杨元所部三千兵马拒守的南原城遭到近六万日军围攻。第二年，南原城失陷。南原之败“亡官军二千七百，马三千四百”，这是明军援朝少有的惨败！
但是，明廷高层并未因此而畏惧。相反，明廷一边调军入朝鲜再战，一方面重新拿出了尘封已久的“征剿日本”之策，打算来个“围魏救赵”，毕竟在朝鲜战场上与日本鬼子消耗了那么久，已感觉财政顶不住了！
万历二十六年（西元1598年），御史徐兆奎上奏，提出了征讨日本本土的“捣巢之策”：“朝鲜闲山失利，东方亟索舟师，阁臣议募闽省惯海商船以资防剿。御史徐兆魁言其不便，议欲选兵繇陆而行，并委道赴淮造船，兼议捣巢之策。”这说明各地官员得知到朝廷财政困难，觉得可用别的办法尝试直接出兵日本。
兵部覆议之后，在徐兆奎的建议基础上，又进一步完善，“至于关酋背道逆天，虐用其众，闻各岛愤怨，已非一日，糾合出奇诚因势利导之策也。
举事莫先于浙，尤莫便于闽、广，以曰本多两省之人，可以响应，两省多近洋之国，可以结联，加之商贩杂出其间，可以别用，是在各督抚同心秘计，随便酌行，如忠义可鼓，勿待正兵，事机可乘，勿待奏报而一切假之便宜，勿以议论束縛，致令制肘。上是其议。”由此可见，兵部复议得到了万历帝的首肯。
由此可见，东征日本本土的“捣巢战略”被正式敲定，并进入了初期实施阶段。此次的“捣巢之策”注意事项主要包括：其一，确定实施主体为浙江、福建、广东三省；其二，联合日本地方大名、在日华人、往来海商、近洋诸国；其三，给予浙江、福建、广东三省在组织人力物力财力兵力讨伐日本时的绝对自主权。
以上三点均得到了万历皇帝的首肯。由此可见，这一次的“捣巢之策”明显结合了前面数次“捣巢战略”的特点，比如以东南沿海诸省为主力，发动可团结的藩属国力量，以及利用日本国内军阀割据的紧张局势。
同时，为了“捣巢方案”能顺利实施，明廷也实行了多项举措，可概括为三点：首先，浙粤易帅，调熟识岛情的广西总兵童元镇到浙江，接管浙江防务，负责泛海登陆日本一事；其次，南直隶、浙江、福建、广东四省重新开展对日间谍活动；最后，南京兵部右侍郎许孚远于南直隶募兵选将督造战船以备出征。
然而，就在实施第一项的时候，广西发生了瑶族叛乱，而广西巡抚戴耀奏题，暂留总兵童元镇，请求“待猺贼事宁赴浙交代”。浙、粤易帅的计划也暂时搁浅，但第二项和第三项均得到稳步实施，尤其是重新开展的对日间谍活动，取得了重大成就。如果朝鲜战局继续僵持，或许泛海登陆计划便会进入实施阶段。
但是，随着丰臣秀吉病逝，在明军如秋风扫落叶的攻势下，战局已定，胜负已分，而大举进攻日本本土的方案就此被搁浅了。或许在后人看来，这时候正是“捣巢日本”的最佳时机。
然而，根据《万历援朝之战时期明廷财政问题》统计，在“七年抗战”中，明朝在朝鲜半岛先后投入了大量的人力物力和财力，光是钱就投入了两千万两的白银！而在贵州播州方面，杨应龙动作频繁，西南局势愈加紧张，再有兵部尚书田乐所主持的松山新边急需军费。相比之下，已经退兵臣服的日本再无征讨必要。所以，哪怕明廷仍有能力支持一场泛海登陆作战，也不会去实施，毕竟此策的风险与代价实在太大。
最终，这项本可以载入史册的宏伟战略，却被尘封于史料之中，逐渐被人所遗忘。直到数十年后，才被万历皇帝的孙子之一崇祯帝朱由检重新拿出来审视，觉得有必要去征服日本，毕竟日本人太狂妄自大！
当然了，此时空的崇祯帝并非“凡人”而是“金丹真人”，修为达到了“真丹后期大圆满”境界，但想要“碎丹成婴”并突破到更高层次的“元婴期”，就需要大量的修炼资源，而“民心善念”和“香火愿力”首当其冲！这就要求他在不得不尽快改善天下万民的生活状态时，而且还要防止那些海量“假钱”（重晶石）提前露馅。