世界树凋零之后，罗伊询问神之心，原来三神器早在千年以前就已经预知了这件事的发生。
三神器的性格各有不同，其中——
神之心（洞悉生与死的轮回）：公平交易、凡事皆有代价。
神之剑（穷尽一切力量的法则）：身体力行、万事皆有可能。
神之冠（观测过去与未来）：目的明确、做事不择手段。
神之冠在千年前预知了世界树的凋零，于是三神器开始积极寻找治疗世界树的方法。
它们看中了彼时在伊甸大陆中飘无定所的人类，将他们引导至世界树边上，建立了主城西德尼亚。
因为西德尼亚的生存高度依赖世界树，世界树的凋零代表着西德尼亚与世界树内各方小世界的联系将被切断。
人类无法再从小世界中获得资源，千年来的积蓄将毁于一旦。
因此，人类与三神器的利害在此刻达成一致，它们共同的目的都是为了拯救世界树。
其中，神之冠在暗中掌控人类的权势阶层，便是它散播了那则传说，指引传承者们去攻略世界树，它的这一代神使是薇拉·艾尔兰。
神之剑则幻化成了少年叶倾尘，在只身调查世界树的过程中，它与十年前的秦柳结下了因缘，并最终选择了她作为自己的神使。
而神之心则是选择了罗伊，最后，三神使汇聚在了一起。
他们得知伊甸大陆也不过是一方小世界罢了，就如同它们可以侵略其他小世界一样，第十七层的恶魔也可以通过特殊方法传送到伊甸大陆侵略它们。
最后，人类在荒野上挫败了恶魔的进攻，同时世界树的攻略组也趁此机会再次攻略第十七层，将深渊的恶魔一举歼灭。
然而当人类大军前往第十八层的时候，却发现他们回到了伊甸大陆。
原来伊甸大陆，便是世界树的第十八层。
同时他们也得知了，世界树的所有小世界的传送通道，都在逐渐封闭，而目前的他们仍未找到世界树凋零的原因和治愈它的办法。
他们需要抓紧时间，通关第十九层，前往第二十层，或许能了解到这个世界的真相。
最后，在三神器的帮助下，他们在伊甸大陆找到了前往第十九层的入口，在与原住民经历了一番血战后，终于通关了它。
然而，第二十层并不是普通的小世界，而是罗伊前世的人类世界。
而三神器在调查后也发现，罗伊前世的人类世界并没有通往下一层的传送节点。
这已经是最后一层世界了，并且这里也找不到治疗世界树的方法。
但是这里的资源比贫瘠的伊甸大陆更加丰富，或许侵占这里是个不错的选择。
其实在此之前，人类内部就有过争论，因为除开第十七层深渊的原住民恶魔，拥有较强的侵略性与进攻性以外。
其他几层高层世界，例如龙之山脉的龙族等等，对异乡人的态度都很友好，这让他们开始反思，所谓的「通关」是否就是杀戮与侵略。
最后，在罗伊等人的努力下，西德尼亚决定放弃迁居其他小世界，他们回到了伊甸大陆，开始建立卫星城。
利用卫星城在荒野上采集的资源，养活西德尼亚的全部人类。
最后，虽然世界树已经凋零，但西德尼亚的人民依然走出了城墙，过上了自给自足的生活。
罗伊对自己前世的人类世界仍存有留恋，但因为艾莉亚，最后他选择了不回去第二十层的人类世界。
在世界树凋零，传送节点关闭的最后一天，两人站在世界树的树下，依偎在一起。
他们的身后，是重获新生的西德尼亚。
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