倾向于宽赦叶小天。
对于这些文官的态度，他也不能不予考虑，否则作为首辅、文官集团的最高代表，却处处同本阵营的人唱反调，那他很快就会被大家孤立起来，变成一个空架子首辅。
所以，申时行只一斟酌，便提出了一个折衷之策：“老臣以为，叶小天之所为，罪无可恕，情有可原，可酌判流……或谪之刑。”
申首辅又打起了马虎眼，流刑是要免除官职。流放边荒的，而谪则是降低职务异地安置，头一条是为了迎合皇帝。后一条是向百官妥协，这样的说法两方面都不会很满意，但也不会因此对他产生敌对的情绪。
万历现在已经不指望处死叶小天了，申首辅的回答虽然些圆滑。却也勉强能让他满意，便顺水推舟地道：“阁老所言有理，叶小天擅杀土官，虽有情由，不可原囿，可免去官职。充军琼州崖县。”
万历一句话。就把叶小天发配去了瘴疫横行的天涯海角。可万历话音刚落，就听文官之末又是一声清朗的高呼，那抑扬顿挫的腔调，很明显和李博贤一样，是在同一个地方出来的。
“臣，反对！臣~有本奏！”就见一抹靛青色的身影倏地一下从文班末尾闪出来，雄纠纠气昂昂地冲上前来，顿时百官侧目。
这老夫子正是刘恒邑，刘老夫子做了半辈子御史。名声并不彰显，很多朝廷大臣都不见得认得他，可现在认得他的人却极多。因为他挨过廷杖，挨过廷杖就意味着他是清流中的清流，贤臣中的贤臣，刘御史的大名已经在士林中广泛流传开来，一朝成名天下知了。
“臣，山东道监察御史刘恒邑，弹劾阁臣申时行，专恣自断。威凌皇上！”
明明是万历顺水推舟，引用了申时行模棱两可的意见，可刘御史却直指内阁首辅，显然是要挑起科道官与行政官之间的大战了。
本来打算袖手旁观的一些行政官和监察官登时精神一振，叶小天算个屁，事情关乎到他所在阵营的兴衰了，这就直接关系到他本人的利益了，岂能不予关心。
刘御史一边走一边高声弹劾其罪：“各部各院都设《考成簿》，记录官吏功过，送内阁考察升降，则命官之权，系于其手矣；吏部、兵部挂选官员，都得经内阁认同，则吏、兵两部形同虚设，文武权柄集于一处矣；督抚巡接办事，无不密谒内阁大臣请教；内阁首辅奉诏拟旨，独自行事。则置我圣天子如虚设矣！”
刘御史步伐不快，但声音铿锵有力，等他赶到御案前面时，稳稳站住，高声道：“我太祖皇帝曾立下规矩：‘后世子孙不得预立丞相，臣工敢言立相者，斩！’今内阁首辅虽为阁老，无异于宰相！臣请诛申阁老，以正朝廷！臣请削内阁之权，以正天下！”
刘恒邑临退休，事业焕发了第二春，士林声名就是权势地位，他现在有底气这么说话。
申时行也很干脆，刘恒邑点出他的名字时，他就把官帽摘下来了，刘恒邑说到第二条罪名时，申时行已经跪在地上。
这也是规矩，只要有台谏官弹劾，不管你自认为有罪无罪，又或者皇帝会不会惩罚你，你都得先免冠下跪，以领教训，要等皇帝问你时才能申诉。
腹黑宅男天子看了申时行一眼，幽幽地问道：“申阁老，你怎么说？”
申时行马上一顿首，慷慨陈辞起来。
他和言官的矛盾由来已久。其实双方也曾有过一段蜜月期。申时行本是张居正的心腹，但张四维上台后，清算张居正，申时行也不得不违心附和，在张四维丁忧，由他继任首辅后，也只能沿用张四维的路子，广开言路，此举当时颇得御史和文官们赞誉。
但言官们指斥张居正遏阻言路罪状时，不可避免地要提及张居正的得力助手申时行，申时行忍无可忍，从此便与言官们公开交锋了。今日申时行没想到台谏官会利用这个机会向他发起挑战，陷入了被动，不免心中凛凛，马上打起精神全力应对。
申时行高呼道：“刘御史所责，皆为内阁应有之权，所议所决，无不呈交御览，从无擅自行事。内阁中若有大臣御私舞弊，皇上圣明，可罢黜之。但若因一二阁臣循私舞弊，削弱内阁之权，未免因噎废食！失去臣劳君逸的目的，如果科道以为老臣跋扈，臣自请处分，告老还乡就是，但内阁诸务乃祖宗成法，不可变！”
申时行固然圆滑，可能做到内阁首辅，又岂是常人。这番话说的漂亮，他自辩的这番话，完全把内阁的利益放在最前面，至于他个人，只是略略一提，最后更提出他可以去职，内阁不能削权的话来。
这一来，他就把自己扮成了整个行政官团体的利益代表，获得了全体行政官的认可与支持。果不期然，申时行话音刚落，内阁次辅许国、三辅王锡爵，六部九卿，各衙司大臣，纷纷下跪，声援起来。
武官行列，勋戚功臣行列之外就是文官行列，众行政官这一跪，满堂朱紫中，文官序列里只剩下都察院左都御史叶千尺和右都御史严亦非在那儿“金鸡独立”了。
二人对视一眼，不约而同地出班，跪倒，除冠，高呼道：“申阁老自辩犀利，然听其言如何，观其行如何？今叶小天一案，还不是申阁老一言而决？阁臣跋扈，科道唯有噤若寒蝉矣。