使下级军官发狂，不但抢夺粮食，并且强暴了中国妇女，对于反抗的人就以武力解决。
1937年12月13日，南京在一片混乱中被日军占领，日军在华中方面军司令官松井石根指挥下，在南京地区烧杀淫掠无所不为。
12月15日日军占领第３天：已放下武器的中G军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样接受焚化。当夜，解往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中G 军人9000余人被日军屠杀。，又在宝塔桥一带屠杀３万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日日军占领第四天，于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、粱廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日日军占领第五天：中国平民3000余人被日军押至蝶炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
12月18日日军占领的第6天夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共400人，除少数已被饿死或打死，全都用错丝捆扎。驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀的100余人。
1937年12月13日，《东京朝日新闻》即现在《每日新闻》报道两名日本军官的“杀人竞赛”日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100人，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田毅杀了105伤人。向井敏明杀了106伤人。又因确定不了是谁先达到100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。
此外，日军侵占南京期间强jian了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强jian了好几次，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫**行为，估计当时发生的强暴案可能过20000宗。
当时，南京有一个安全区。由国际人士组成，多为美国人和德国人，这些人亲眼目睹了这一历史惨剧。
1937年12月19日，安全区国际委员会委员，美国牧师约翰。马吉致家人的信中这样写道：“过去一个星期的恐怖是我从未经历过的，我做梦也没想到过日本兵是如此的野蛮。这是屠杀、强jian的一周。我想人类历史上已有很长时间没有发生过如此残暴的事了，日本兵不仅屠杀他们能找到的所有俘虏，而且大量杀害了不同年龄的平民百姓。就像在野外猎杀兔子一样，许多百姓在街上被日本兵随意杀掉。从城南到下关，整个城市到处都是尸体。”
鼓楼医院的医生威尔逊医生写信给妻子：“今天是当代但丁炼狱的第六天，是用血腥和淫秽的大字写成的。大批人被屠杀，成千上万妇女被强jian。”19日，他又写道：“穷人的食物都被抢光了，他们处于歇斯底里的惊恐之中，何时是尽头？”
12月21日，威尔逊医生又在信中写道：“今天是一年中白昼最短的一天，但仍包含着人间炼狱的落个小一一一前天在小山坡上，一位已经怀孕7个半月的19岁少妇，抗拒两个日本兵的强jian。她面部被砍了18刀。腿上也有几处刀伤，腹部也有很深的一个刀口”
40岁的贝德士强忍悲愤，逐日登记日军暴行并写信向日本大使馆提出抗议：
12月15日，安全区卫生委员会第二区6名清道夫，在鼓楼住处被日本兵毫无理由的杀害。
12月15日夜，７名日本兵闯入金陵大学图书馆，突然扑向７名女难民，其中3名被奸污。
12月14日夜，日本兵闯入中国人住宅，强jian妇女并强行带走妇女的事件不断发生。由此产生大混乱。
12月15日正午，日本兵闯入饷银巷路中国人住宅，拉来1名少女强jian，两小时后离去。
12月15日夜，3名日本兵闯入钢银巷路中国人住宅，强jian 3名妇女。
12月17日，日本兵闯入汉口路中国人住宅，强jian 5名少妇，并拉走３名妇女，其中两人的丈夫追上日本兵，但都被枪杀。
而就在中华民族经历这场血泪劫难的同时，文化珍品也遭到了巨大的掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人。从1938年３月起，花费一个月的时间。每天搬走