在就藩瀛洲的藩王们挑选领地时，朱媺娖则在召开军务院、内阁联合会议，商讨朝廷开辟瀛洲的政策。
最初，有人提议彷照之前对马六甲的安排，设置都督府，以军事为主，兼顾民生。
但仔细讨论之后，被否决了。
因为瀛洲的情况与马六甲并不相同。
马六甲当初虽然是海外飞地，但其地处东西方海上交通要道，位置十分重要，且商贸繁荣，当地土民也已开化。
如今朝廷更是准备将其纳入南海省，取消都督府，改置府县。
至于瀛洲，离大明更遥远不说，而且地理位置并不怎么重要，又是真正的蛮荒之地，并不需要如都督府一般去精细治理。
须知，越精细的治理，朝廷所花费的成本便越多。
粗放一些，朝廷所花费的成本便少。
最后，经过连续三日的讨论，决定以革新的“卫所制”外加“公司制”来开辟瀛洲。
即朝廷先设立瀛洲都指挥使司，再成立大明瀛洲垦殖公司。
瀛洲都指挥使司简称瀛洲都司，归军务院管辖，属工屯军序列，也即是大明新军第四序列。
从大明工屯军，以及卫戍军、边防军、禁卫军、御林军的适龄退伍兵中招募兵员。
其军饷分为两部分，一为比照工屯军军饷的保底军饷，简称“底饷”。二为垦殖奖金。
底饷依旧由朝廷通过“军务院——军饷司——大明银行”这个途径发放。垦殖奖金则由垦殖公司根据当年的盈利按照一定百分比发放。
瀛洲都司的编制相比以前也大有改变。
都司之下只有卫、所、屯（堡）三级，编制大大缩小。
且都司军官都是由军务院任命的，而非世袭制。
另外不论是军官，还是普通士卒，都可以携带家人前往海外都司。普通士卒退伍后，还可以选择落户当地为移民。
至于军官，也可以落户海外，但不得在任职地落户，只能在其他的卫。防止其依仗权势成为以前那样的毒瘤式卫所军官。
都司设都指挥使一名，级同提督，为正一品武职。
另设都司同知、都司佥事各一名，为从一品文职（军队体系）。
然后就是都司各职能部门的都事、断事、经历等官吏了。
后面的卫、所、屯长官级别就比较低了，分别对应参将、千总、哨正（实称屯正）。
且经过联合会议讨论，其编制变得灵活，实际兵员数目则大大减少。
每屯正兵（工屯兵）50人。
5到10个屯为一所，即每所约有工屯兵250到500人。
至于卫，因地而设，故所辖屯所暂不设下限，上限编制则是工屯兵3000人，既不超过60个屯。
工屯兵的主要任务，便是按照上面安排，到指定地点垦荒种田，建立屯堡。
垦荒种田前期所需的钱粮，则由垦殖公司负责，算是垦殖公司的前期投入。
至于垦殖公司是否会因为这一大项投入而几年内无法盈利，就得看垦殖公司如何经营了。
就一个都司而言，设立或取消一个卫的权利掌握在朝廷手里。但某个卫下开辟多少个屯堡，又在哪里开设，以及什么时候开设，却是由垦殖公司与都司方面协商确立的。
目的就是让垦殖公司控制好投入，以及尽快盈利。
而非是像大明此前开辟疆土那样——完全由朝廷主导，很快就搞成高投入、低收益的局面，最终因为常年亏损巨大，入不敷出，不得不放弃对当地的统治。（比如越南、漠南、漠北。）
大明瀛洲垦殖公司构建，则参考英、荷的东印度公司，以及后世一些组织架构。
初步拟定的结构则比较简单，从上到下依次为公司、商馆、开发区（据点）。
原则上，各卫所在都将建立一个商馆，每个所则对应一片开发区。
公司主要以获取当地各种有价值的资源，增加商馆收入，作为主要任务。
如从土着手中低价收购皮毛、宝石、珍惜矿石，狩猎、伐木，垦荒种植经济作物，利用运输优势与各王领交易，等等。
大明的士绅、地主、商贾，只要不是在职官员、将领，且拥有足够的经济实力，皆可以申请成为垦殖公司开发区的承包商。
承包商可以向都司申请组建一定数量的私人武装，不超过一千人，备桉后每年接受都司一次检查即可。
公司商馆只负责把控开发区大的“经营方向”，在技术上给予一些支持和指导，并不干涉承包商对开发区的具体经营。
为了确保公司有足够的利润，承包价并非定额，而是保底加分成的方式。
合同年限最低一年，最高五年。
至于一个开发区具体需保底多少、分成多少，就得视情况而定了。