随玄奘法师学“法相宗”之“教义””。归国后，他以“元兴寺”为中心弘法，日本史称“南寺传”。西元716年，日僧玄昉(？ 一西元746年)入唐后随智周习法，以日本“兴福寺”为中心弘法，日本史称“北寺传”。“奈良时代”是“法相宗”的全盛时期。
该宗人才辈出，形成了当时佛教思想的主流。其中的“护命”、“善珠”、“神敷”等高僧都是著作甚富、对教观颇有研究的学者。而“俱舍宗”和“法相宗”分别被称作 “小乘有宗”与“大乘有宗”。
由于在教义上的相互联系，“二宗”在同时传入日本时，“俱舍宗”在事实上就称为了“法相宗”的“附属宗派”。相比之下，“华严宗”是由新罗僧审祥（？ 一西元742年)传入日本。审祥曾留学于唐朝，师事“法藏学”的“华严宗”。西元740年—西元742年，他在日本“金钟寺”道场首次开讲《华严经》，并传法与日僧良辨。
“华严宗”与皇室贵族关系密切。“倭王”（“圣武天皇”）极重华严宗，比如在西元749年，其颁布发令规定诸宗、院讲说经论，要以《华严经》为本，同时还勑中央寺院“东大寺”为华严宗的“本寺”。
到了西元754年，唐代高僧鉴真(西元688年—西元763年)应日僧的邀请，成功东渡日本后，在“东大寺”的“毗卢舍那”大佛前、大佛殿西侧、下野“药师寺”和筑紫“观音寺”建筑戒坛，以传布“南山律宗”。
“奈良六宗”传入日本后，被日本朝廷作为施政的一种指导思想来加以利用。为了获得本阶级的现实利益，日本侧重建寺、造像，诵经。在写经方面，各宗在教义上无多大发展，基本承袭中国各宗固有教义。
西元804年，最澄(西元767年—西元822年)和空海(西元774年—西元835年)同是入唐求法。 归国后，最澄以“比睿山”为中心，创立了日本的“天台宗”。与此同时，空海以东寺和高野山为中心，弘传“真言宗”。
两宗是日本“平安时代”(西元794年—西元1192年)的“代表宗派”，开始重视宣传，解释 教义、教理。日本的“天台宗”弘传中国“智觊”的“天台法系”，宣传“一念三千”，即世界万物都是人心一念的产物。
同时，“天台宗”还宣传“三谛圆融”，即“空”、“假”、“中”三谛相即融通，并在此理论 础上，主张“圆教”(天台宗）、“禅”（宗）、“圆戒”(“大乘戒”)、“密教”的“四教合一”，尤其在“密教”的发展上，成果更为突出。
“真言宗”阐明“密教”，是佛教的“终极妙义”，强调“即身成佛”的思想，即“父母所生身，速证大觉位”，认为只要成就“三密加持”（口诵“密咒”，手结“印契”，心念“佛相”） 就可“即身成佛”，获得佛法加持己身。
这也是“忍者”施展“忍术”的关键理论基础。在宗教实践上，两宗更注重“密教”。以“镇护国家”、为贵族“消灾 积福”，作为“诵经修法”的主要目的，盛修息灾、增益、延命及祈请祐护等法会，作用类似“阴阳寮”。
因此，为了区别“真言宗”和“密宗”，倭人又称国内“天台宗”的“密教”简称为“台密”。到了西元十二世纪以后，经过数百年发展之后，东传的“佛教”与日本民间信仰、生活习俗相结合，一些注重信仰、教义简单的“新宗派”相继兴起。而与此同时，“禅宗”的“临济”、“曹洞”二宗也随着宋日贸易兴盛，由宋朝传入日本。
西元1175年，日本僧人法然（西元1133年—西元1212年)据善导《观经疏》等著作，创立了日本“净土宗”。该宗以浙江天台山的“净土教义”为准，“舍弃万善诸行，只取念佛一行”作为凡夫俗子往生“净土”的“正业”、“正因”，只要信愿具足，一心称念“南无阿弥陀佛”，始终不怠，临命终时便可往生西方“极乐净土”。
自法然首创“弥陀念佛”法门以来，获得很大发展，日本佛教界形成了“净土宗”、“净土真宗”和“时宗”三大法系。“时宗”由一遍和尚(西元1239年—西元1289年)创立， 宣传“他力念佛”的教理，更注重《阿弥陀经》，注重“游行化”的传教实践，即鼓励门下弟子去做“游方僧人”，通过游历日本的亲身实践来弘扬佛法。
“临济禅” 和“曹洞宗”分别由荣西和尚（西元1141年 一 西元1215年)与道元和尚(西元1200年—西元1275年)传入日本。荣西曾于西元1168 年、西元1187年两次留学于宋朝，传承了中国“临济禅宗黄龙派”的理念，修“看活禅”，即所谓的“借助先师语录等达到觉悟”，后创立日本“圣福寺”、“建仁寺”并兼修“密宗”。
“曹洞宗”的“宗祖”即“道元和尚”则师事于宋朝“天童山”的長眉老和尚“如净法师”，回国后以日本的“永平寺”为中心传教，主张修“默照禅”，提倡“只管打坐，禅心是佛”，即主张通过“寂照静默”来“休歇身心”